Marzo de 1999: Los alcaldes de Pasaia (Bixen Itxaso) y de Donostia (Odón Elorza), junto con el Diputado Foral de Urbanismo (Jorge Letamendia, concejal de Donostia en la actualidad), firman el denominado “Protocolo para el estudio y propuesta de compatibilización del Planeamiento entre los municipios de Donostia-San Sebastián y Pasaia en el ámbito de la Regata de Molinao y su entorno”, un protocolo que el Ayuntamiento de Donostia quería cumplimentar en vistas a los desarrollos de Landarro y Auditz-Akular.
Febrero de 2002: El secretario municipal, Joseba Belaustegi, “descubre” el auto de Vargas Ponce.
El Ayuntamiento decide profundizar en el estudio del litigio y encarga dicha labor a la Sociedad de Ciencias Aranzadi.
Reuniones de la Comisión Mixta Pasaia-Donostia en torno al documento “Alteración de los términos municipales de Pasaia y Donostia-San Sebastián y de sus límites”.
Marzo de 2002: Fin de los trabajos de la Comisión Mixta. El gobierno municipal donostiarra no consigue el apoyo necesario de los grupos municipales, y el pasaitarra esgrime los nuevos argumentos basados en el auto de Vargas Ponce.
Abril de 2002: David Zapirain redacta el informe histórico, mientras que los catedráticos de la UPV José Manuel Castells y Demetrio Loperena redactan el informe jurídico.
Mayo de 2002: Instan a Rentería a realizar un nuevo deslinde con motivo de la tramitación del Plan General de Ordenación de Rentería.
Julio de 2003: Se interpone recurso contencioso-administrativo contra la aprobación unilateral por Donostia del Plan Especial del Monte Ulia.
Junio de 2005: Publicación del libro “Pasaia 1805-2005: 200 años de unidad”, escrito por David Zapirain, que en realidad viene a resumir el largo litigio en torno a las mugas desde la perspectiva señalada por el secretario municipal.
Julio de 2005: Se pone en marcha la Comisión Especial de Mugas con representantes de todos los partidos políticos con el objetivo de recabar el apoyo de los pasaitarras en la reivindicación de las mugas reales y originales de Pasaia.
