El objetivo último de la real orden de 1 de junio de 1805 era la de recuperar para la corona el control del puerto, y separar a San Sebastián de cualquier futura reivindicación sobre el mismo, creando con ese fin la villa de Pasajes.
A continuación, sucesivas reales órdenes fueron atando con minuciosidad todos los detalles concernientes a la administración municipal de la nueva villa (R.O. 19-8-1805), así como los correspondientes a la gestión del puerto (R.O. 4-3-1807). La delimitación del nuevo término municipal de Pasajes, sin embargo, no se ejecutó como quería Vargas. De hecho, el plano que él dibujó e envió a sus superiores no obtuvo la necesaria aprobación real, y el nuevo municipio inició su andadura con el territorio original de San Pedro, -la ladera sur del monte Ulia, entre Gomistegi y el canal-, más la jurisdicción sobre el puerto y sus aguas.
Está claro que los gobernantes tenían la voluntad de incorporar al término pasaitarra las “vertientes de los montes al puerto”, pero este asunto, jurídica y geográficamente hablando, era más complejo que lo que pensaban en un principio. A los argumentos esgrimidos por los afectados, recogidos en la "Memoria de las razones..." de 1807, y que alegaban perjuicios e indefensión, hay que añadirle las complicaciones que el propio texto del auto de Vargas había creado: invadiendo, aunque fuera levemente, los términos municipales de Astigarraga y Rentería en torno al mojón común de Ataño; incluyendo en su plano la ladera norte de Ulia, entre la ensenada de Illurgita y la punta de Arando-, que en sentido estricto no es una vertiente del puerto; y, por el contrario, pasando a Rentería la ladera derecha de Molinao, entre Basanoaga y Maleo, que sí era una vertiente del puerto.
Y así fue que, cuando en 1807 una R.O. nombra nuevos ingenieros militares para que estudien el plano y propongan si les parece necesario uno nuevo, los trabajos de estos señores producen la alarma en municipios como Oiartzun, cuyo término municipal está compuesto por montes cuyas aguas también vierten al puerto, y se vieron en la necesidad de elevar su protesta y preocupación ante la Diputación (21-8-1807).
En estas condiciones se comprende que la propuesta de Vargas no prosperara y que la real orden de 15 de enero de 1807 siga aún hablando del dibujo de un plano, y empiece a pensar en las indemnizaciones que se deberán pagar a los perjudicados cuando se tome una decisión definitiva sobre el mismo.
Después del paréntesis napoleónico (1809-1813), se volvió al estado de cosas creado a partir de 1805, eso sí, de los planos no se vuelve a hablar, y San Pedro solicita en 1827 su reincorporación a San Sebastián. Desde el gobierno se corta con esta pretensión dictando una real orden con fecha 23 de abril de 1828, en la que se ordena que “la Marina limitase su conocimiento sólo a la cuestión del puerto”, y que sobre los demás puntos de disputa, las partes acudiesen “las partes a donde respectivamente correspondiese según las naturalezas de los negocios.”
(Documentos relacionados: párrafos extraídos de la Memoria de 1807, y la real orden de 15 de enero de 1807)
